Hiroki Sawada là một cậu bé 10 tuổi rất đặc biệt khi đã vào học ở một trường đại học ở Mỹ và thậm chí còn tốt nghiệp luôn. Một ngày nọ, cậu hoàn thành một dự án lớn mang tên a.i. Nô-ê-Sue-Ark và quyết định tự kết thúc cuộc đời mình. Hai năm sau, Conan và nhóm bạn như Rachel, Genta, Ayumi, Mitsuhiko và Haibara lại tìm được cơ hội chơi Cocoon. Nhưng đáng ngạc nhiên, Noah-Sue-Ark đã chỉnh sửa chương trình và làm cho Cocoon trở nên khó hơn với 5 thử thách mới: Viking, Cuộc đua Paris Dakari, Colosseum, Kho báu của Solomen và 1888 London. Điều kiện mà Ark đưa ra là 50 đứa trẻ tham gia phải sống sót, nếu không thì chẳng ai trong số họ có cơ hội tồn tại ở thế giới thực nếu tất cả đều thất bại. Vậy không biết Conan sẽ chọn kịch bản nào, và chuyện gì sẽ xảy ra tiếp theo?