Sau kỳ nghỉ hè, các học sinh Học viện Ninjutsu trở lại và phát hiện ra rằng do một sai sót của Komatsuda, tất cả bài tập về nhà mùa hè của bọn họ bị trộn lẫn hết rối loạn. Kết quả là Kisanta, đang có một nhiệm vụ dành cho năm cuối, đã mất tích sau khi rình mò vào Lâu đài Oomagatoki với ý định đánh cắp fundoshi của lãnh chúa nơi đó. Một nhóm bao gồm Shinbei và Kirimaru đã được cử đi cứu Kisanta, nhưng tình hình không dễ tí nào vì Oomagatoki đang vướng vào cuộc chiến với Lâu đài Tasogaredoki.
Trong lúc đó, học viện cũng nhận được lời cầu cứu từ một ngôi làng đang khốn đốn vì chiến tranh. Rantarou cùng với các học sinh và thầy cô còn lại nhanh chóng lên đường đến đó để giúp đỡ.